El Tratado Cañas Jerez, que establece los límites entre Costa Rica y Nicaragua, se firmó durante una administración de don Juan Rafael Mora, en 1858. ANCR, Congreso, 5961-bis
Juan Rafael Mora ejerció el poder durante casi 10 años.
En el campo político, reorganizó el régimen municipal. En infraestructura y fomento, efectuó el contrato de navegación en el Pacífico y en los ríos Sarapiquí y San Carlos, la organización de sistemas de diligencias y el establecimiento de líneas telegráficas.
El quehacer religioso incluyó la creación del Obispado de Costa Rica, cuyo primer obispo fue Anselmo Llorente (1850), la reglamentación de los fondos para la Iglesia y el establecimiento de un Concordato (1852) entre la Santa Sede y la República de Costa Rica.
En la relación con otras naciones, sobresale la firma de límites de Costa Rica y Nicaragua mediante el Tratado Cañas-Jerez (1858).
La instrucción pública fue un tema relevante y, entre otras cosas, construyó el edificio de la Universidad Santo Tomás. En el campo económico, se generó una regulación de actividades productivas, el establecimiento de impuestos y la modernización de la Casa de la Moneda. En materia de justicia se dio la disposición para rebajar las penas a los reos que se arrepintieran, el establecimiento de una casa de reclusión de mujeres en San José y la regulación de las funciones de los jueces.
Además, hubo reglamentación orientada hacia diferentes materias: agricultura, servicios públicos, asuntos religiosos, asuntos económicos, judiciales y militares. En cuanto a las leyes destacan: Ley de Justicia y Trabajo, Ley Orgánica del Poder Judicial, Código de Comercio, Ley de Enjuiciamiento en Negocios y Causas de Comercio, así como rigió la segunda edición del Código General. En el área de salud, se designaron médicos de los pueblos, hubo disposiciones para la formación de hospitales y el fomento de recursos con objeto de conservar el hospital de San Juan de Dios y el Lazareto.
